Nasceu em Santos, SP, em 1752. Faleceu no Rio de Janeiro em 1826. Aos 16 anos já estava como praça no Regimento de Infantaria da Capitania de São Paulo, onde estudou e foi promovido a tenente.
Como Tenente de Infantaria com exercício de engenheiro, seguiu, em 1774 para a capitania do Rio Grande de São Pedro, incorporando-se às forças do Tenente-General João Henrique Bohm, na luta contra os invasores espanhóis do Rio Grande.
Procedeu depois da guerra, entre os anos de 1774-76, ao levantamento do território entre a Barra do Rio Grande e a Freguesia do Estreito, assim como o dos capôs de Piratini.
Além de inúmeros outros trabalhos cartográficos no Rio Grande do Sul e no Rio de Janeiro, elaborou um estudo completo sobre o aproveitamento da Fazenda de Santa Cruz que pode ser consultado na revista do IHGB, Tomo V de 1804.
Em 1786 foi promovido a sargento-mor, e ascendeu até o posto de tenente-general graduado em 1819.
Couto Reis fora designado em 1785 para mapear e descrever à região campista, tendo sido mais tarde publicado como “Descripção Geographica e Cronographica do Districto dos Campos Goitacaz”.
Foi também designado pelo Conde de Resende para atuar como administrador na Fazenda Real de Santa Cruz, antes pertencente aos jesuítas, onde então o tenente-coronel Manoel Martins do Couto Reis elaborou uma memória sobre esta propriedade em 1804. Em nota, atentou para o fato de que, com a compra da Fazenda dos Jesuítas situada em Campos dos Goytacases, um certo Joaquim Vicente dos Reis havia se constituído no “mais rico e poderoso vassalo de Portugal no Brasil”.